防腐剂的效果并不是绝对了，它只对某些食品具有在一定限度内延长储藏期的作用，并且其防腐效果根据环境pH的变化有所差别；另外，防腐剂必须按添加标准使用，不得任意滥用[4]  。
与各类食品添加剂一样，防腐剂必须严格按中国《食品添加剂使用卫生标准》规定添加，不能超标使用。防腐剂在实际应用中存在很多问题，例如：达不到防腐效果，影响食品的风味和品质等，例如茶多酚作为防腐剂使用时，浓度过高会使人感到苦涩味，还会由于氧化而使食品变色。
在食品的生产加工过程中，由于防腐剂在种类、性质、使用范围、价格和毒性等不同的情况下，应注意以下几点后再合理的使用。
1、在添加防腐剂之前，应保证食品灭菌完全，不应有大量的生物存在，否则防腐剂的加入将不会起到理想的效果。如山梨酸钾，不但不会起到防腐的作用，反而会成为微生物繁殖的营养源。
2、应了解各类防腐剂的毒性和使用范围，按照安全使用量和使用范围进行添加。如苯甲酸钠，因其毒性较强，在有些国家已被禁用，而中国也严格确定了其只能在酱类、果酱类、酱菜类、罐头类和一些酒类中使用。
3、应了解各类防腐剂的有效使用环境，酸性防腐剂只能在酸性环境中使用有强有效的防腐作用，但用在中性或偏碱性的环境中却没有多少作用，如山梨酸钾、苯甲酸钠等；而酯型防腐剂中的尼泊金酯类却也能在pH4─8之间使用，且效果也还不错。
4、应了解各类防腐剂所能抑制的微生物种类，有些防腐剂对霉菌有效果，有的对酵母有效果，只有掌握好防腐剂的这一特性，就可对症下药，一般已复配形式来进行综合防腐保鲜的较多，如健鹰抗腐王和防霉保鲜剂等产品。
5、根据各类食品加工工艺的不同，应考虑到防腐剂的价格和溶解性，以及对食品风味是否有影响等因素，综合其优缺点，再灵活添加使用。
现状
其实，国家法律规定允许使用的食品添加剂都是经过严格的安全性评价的。老百姓在正确的使用范围、正确的使用量内合理食用，其安全性是完全可以保障的。至于曾经发生过的那些引起公众关注的大型食品安全问题，都是因为食品生产过程的卫生标准没有得到有效执行，或者没有按规定使用食品添加剂，而不是防腐剂本身的“罪过”。
禁忌
最后须特别提及一点：儿童、孕妇等处于身体发育特殊时期的敏感人群，不宜食用那些过多使用防腐剂的食品。